故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。

年轻的内尔与她的养母过着安静的生活，直到她真正的母亲出现。她被母亲吸引，并在她的引导下在斯特哥尔摹开始了勇敢的成年人的生活，内尔从此离开小镇从而开县人性的阴暗面。

23岁的劳尔突然决定加入法国海军，去找寻真正的自我。 她在法国海军部队中找到了方向，学会了坚韧，找到了属于自己真正的道路。